La actual Biblioteca Iberoamericana es sede de lo que inicialmente fue el Colegio Jesuita de San Tomás, espacio que ocupó la Compañía de Jesús en la ciudad, que llegó a Guadalajara en 1586. Una de sus primeras labores de los jesuitas fue la de ofrecer clases de latín a la población pobre de la ciudad. Por otra parte, Guadalajara se convirtió en el centro organizativo de los jesuitas en el occidente y el norte de la Nueva España, lo cual influyó en el establecimiento de sus misiones en Nayarit, Sinaloa, Sonora, Chihuahua y California.